Долго разбирался, как же в Jekyll сделать фильтрацию тегов по заданной категории.

Дерево тегов по необходимой категории:

{% assign sorted_tags = site.tags | sort %}
{% for tag in sorted_tags %}
{% assign tag_cat = tag[1] | where: "categories", "books" | sort %}
{% if tag_cat != empty %}
<div class="tag-card">
  <h3>{{ tag[0] }}</h3>
  <ul>
    {% for post in tag_cat %}
      <li><a href="{{ post.url }}">{{ post.title }}</a></li>
    {% endfor %}
  </ul>
</div>
{% endif %}
{% endfor %}

Т.е. фильтр тега по определенной категории выглядит так:

{% assign tag_cat = tag[1] | where: "categories", "books" | sort %}

где в ролли array filters применен параметр where

where: "categories", "books"
(3)   (3)   (2)   (1)